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刘昌孝院士致力于药代动力学研究五十余年，为我国药代动力学、药物评价、中药现代化发展作出了卓越贡献。在国内首先引入完整的药代动力学概念，并成功应用于创新药物和复杂中药研究，带领团队开展化学药物、生物技术药物和中药新药的药代动力学研究，在我国药代动力学研究史上创下了学科、实验室建设与医药创新评价领域的五个第一。创造性地提出中药质量标志物(Q-marker)的概念并形成理论体系，在业界产生广泛的影响。承担了50多项国家和省部级重大研究项目，带领团队完成了150余个新药的药代动力学研究，创造了巨大的社会效益和经济效益。获得国家科技进步奖二等奖等国际、国家和省部级科技成果奖励40余项，发表论文450多篇，在国内外出版中英文学术专著30余部。